El estudio de la dinámica de comunidades microbianas en biorreactores anaerobios de membrana y en digestores anaerobios es un área emergente de investigación aplicada. Hemos llevado a cabo la estandarización de técnicas básicas de análisis molecular y se ha aplicado exitosamente para el seguimiento y caracterización de las poblaciones bacterianas y arqueales de los sistemas mencionados. Se ha establecido también las bases del análisis bioinformático de los patrones de bandas de geles de poliacrilamida para evaluar los índices de riqueza, dinámica y organización, así como de las secuencias de ADN para la identificación de microorganismos clave de los procesos estudiados.

La información obtenida hasta el momento se está clasificando y almacenando para empezar a crear una base de datos de microorganismos que nos ayude a la correlación de funciones específicas en los procesos anaerobios. Cabe aclarar que estos procedimientos no son exclusivos para el estudio de microorganismos anaerobios ni para los reinos Eubacteria y Archaea. La ecología molecular ha tenido gran impacto en el estudio intrínseco, así como la detección y seguimiento de organismos eucarióticos (hongos, plantas y animales invertebrados y vertebrados), así como el estudio de interacciones interregno y su impacto en procesos biológicos complejos.​