La estructura del Instituto de Ingeniería es única en la UNAM. Está conformada por el director, funcionarios, personal académico y personal administrativo, distinguiéndose la existencia de:
1 Director
1 Secretario Académico
1 Secretario Administrativo
1 Secretario Técnico
1 Secretario de Planeación y Desarrollo Académico
3 Subdirectores
14 Coordinadores
2 Jefes de Unidades Académicas
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